Νεοβυζαντινή περίοδος (961 – 1204 μ.Χ )

Η Νεοβυζαντινή Περίοδος ξεκινά με την ανακατάληψη του νησιού από το Βυζαντινό Νικηφόρο Φωκά στις 7 Μαΐου 961 μ.Χ.  και την απελευθέρωσή του από τον ζυγό των Αράβων. Η σκληρή μάχη, αποτέλεσμα πολύμηνης πολιορκίας, προκάλεσε μεγάλες απώλειες στον αραβικό στρατό και το θάνατο 200.000 Αράβων. Με τη νέα ένταξη της Κρήτης στο Βυζαντινό Κράτος, ξεκίνησε μια μακρά περίοδος αναβίωσης του Χριστιανισμού, όπου το νησί γνώρισε μεγάλη πολιτιστική και οικονομική άνθηση. Την περίοδο αυτή έφτασαν στη Κρήτη ιεραπόστολοι που δίδαξαν το χριστιανισμό σε όλο το νησί, μεταξύ των οποίων, ο Όσιος Νίκων ο Μετανοείτε και ο Άγιος Ιωάννης ο Ξένος. Παράλληλα, ξεκίνησε μια προσπάθεια εποικισμού και ενίσχυσης του ντόπιου πληθυσμού όπως η μετακίνηση και εγκατάσταση βυζαντινών οικογενειών από τον Αλέξιο Κομνηνό Β΄ το 1082 μ.Χ.

Το 1204 μ.Χ, με την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Φράγκους, ο Λατίνος αυτοκράτορας παραχώρησε το νησί στον Βονιφάτιο Μονφερατικό, που το πούλησε στους Βενετούς το 1210.